Secara geografis terletak antara 5o40’39’ - 5o55’00’LS dan 110o05’57”-110o31’15’ BT. Secara administratif masuk wilayah Kecamatan Karimunjawa, Kabupaten Jepara Jawa Tengah. Letak Taman Nasional Karimunjawa berjarak 45 mil laut dari kota Jepara atau 60 mil laut dari Semarang.Taman Nasional Karimunjawa.
Berdasarkan peta geologi/tanah propinsi Jawa Tengah yang dikeluarkan Seksi Publikasi Direktorat Geologi (1976), formasi geologi/tanah di Kepulauan Karimunjawa sebagian besar terdiri dari batupasir kuarsa dan mikaan, konglomerat kuarsa, batu lanau kuarsa, serpih kuarsa, breksi gunung api, tuf, lava, kerikil pasir, lempung, lumpur, pecahan koral dan batu apung.
Keadaan daerah Kepulauan Karimunjawa merupakan suatu dataran rendah pantai yang ditumbuhi oleh hutan mangrove. Umumnya pantai berpasir putih dan sangat landai menjorok ke tengah laut. Fringing reefs mengelilingi pulau-pulau tersebut dan menyebabkan pantai terlindung dari hempasan gelombang. Dengan demikian pantai-pantai di Kepulauan Karimunjawa tidak memiliki bentuk pantai yang curam. Dasar perairan mengandung pasir dan lumpur. Di tengah perairan banyak terdapat terumbu karang yang muncul ke permukaan, dua diantaranya yang besar ialah Karang Kapal dan Karang Katang. Gugusan kepulauan ini dikelilingi oleh perairan Laut Jawa yang tidak seberapa dalam (55 m).Topografi kawasan Taman Nasional Karimunjawa terdiri dari dataran rendah yang bergelombang, dengan ketinggian antara 0 – 506 m dpl. Terdapat 2 buah bukit, yaitu Bukit Gajah dan Bukit Bendera yang merupakan puncak tertinggi dengan ketingian + 506 m dpl. Khusus dataran Pulau Karimunjawa mempunyai medan yang bergelombang dan berbukit-bukit dengan ketinggian antara 65–506 m dpl. Keadaan hutannya masih terpelihara dengan baik. Luasnya diperkirakan sekitar 2.888 hektar.
